La filosofia alchemica rinascimentale è essenzialmente studio della genesi e dello sviluppo della coscienza.  

A differenza  della psicologia moderna che  si focalizza sulle  patologie della psiche nel tentativo di comprendere e ovviare a tutte quelle situazioni di disagio, di conflitto e di malattia che naturalmente alterano lo stato di coscienza ritenuto normale,  la teoria degli alchimisti si limita a "contemplare"  stadi progressivi di trasformazione della consapevolezza di sè (Il Bambino Gesù) nell'identità umana (Gesù) e spirituale (Cristo). 

Siamo stati educati ad apprendere nel più breve tempo possibile  il "carattere razionale"  della coscienza comune che dovrebbe essere costituito da questi elementi "nobili": la stabilità, che le eviterebbe di subire costanti vacillamenti; la sovranità, che la renderebbe indipendente  da qualsiasi altra istanza; la lucidità, che le permetterebbe di valutare serenamente, senza ingannarsi, la natura di un pericolo o di un ostacolo; l'unità e la capacità di sintesi, che le impedirebbe di spezzettarsi e di dimenticarsi; e la calma , che la proteggerebbe dal flusso incessante dell'agitazione emotiva.

In realtà il carattere "capricornino" della coscienza comune così intesa viene meno e vacilla di frequente a causa di fenomeni  che alterano non solo la tranquilla lucidità in cui crediamo di essere, ma anche l'affettività e l'umore, inteso come  disposizione generale della sensibilità e delle emozioni.

Lo stato della coscienza, quello dell'umore e della sensibilità dell'io  sono ambiti comunicanti che al variare di uno, anche gli altri vanno in crisi. E' sufficiente un breve fenomeno di stress per farci perdere il controllo dell'umore e la stabilità della coscienza, al punto che anche il corpo inizia a manifestare con sintomi  psicosomatici, la fondamentale instabilità e vulnerabilità del nostro io. Oppure  è un conflitto di coscienza, come un senso di colpa o di frustrazione, a scardinare  l'equilibrio e innescare il conflitto tra la mente e il corpo.

Mentre la medicina e la psicologia scientista vanno alla ricerca delle cause che hanno provocato il disturbo, la disfunzione e l'alterazione psichica, l'alchimia occidentale propone soluzioni  che si avvicinano a ciò che sta affermando in questi ultimi anni la neuropsicoanalisi. Il problema di fondo non è  di concentrare  unicamente l'attenzione sui fenomeni che alterano la coscienza, al fine di eliminarli o bypassarli.  

Psichiatria, psicologia e  psicoanalisi servono adeguatamente  lo scopo di individuare le cause chimiche, motivazionali e simboliche responsabili dell'alterazione organica, psichica e mentale. Tuttavia è completamente assente, per motivi esclusivamente religiosi, culturali e politici,  una prassi ritenuta fondamentale  nel Rinascimento alchemico: l' Illuminazione del Mercurio, o illuminazione della Mente. 

Tutto l'Opus alchemico mira infatti ad purificare, espandere e illuminare  le "funzioni mentali" che sostengono l'umore, la sensibilità dell'io e la coscienza di sè.  Le funzioni della mente sono molto complesse e automatiche al punto che possiamo distinguere una "mente subconscia" che ci fa compiere le azioni dettate dall'istinto, una "mente inconscia" che innesca reazioni e gesti improvvisi preordinati dalle pulsioni e una "mente iperconscia" rappresentata dal sistema delle credenze, della cultura e dei modelli  di riferimento che ci fa pensare e dire cose che non "appartengono" al nostro vissuto.

In tutti e tre i casi la mente  è un ostacolo alla crescita, allo sviluppo della coscienza e non è un caso che tutti i sistemi spirituali, orientali e occidentali, siano focalizzati a incrementare la consapevolezza cognitiva  delle pulsioni istintive, da cui può aver origine un vero e autentico "senso di sé"  in rapporto alla Realtà. 
Per gli alchimisti l'Illuminazione (la luce della  "luna" piena rappresentata simbolicamente dal volto di Ginevra)  non è un fenomeno causale, che avviene improvvisamente in un determinato momento della vita.  Siddharta si illuminò  perchè ebbe la fortuna di sperimentare e conoscere precocemente gli aspetti coercitivi della mente ottenebrata dagli istinti, dalle pulsioni e dalla libido (il lupo), così come San Francesco riuscì a convincere il lupo proferendo parole  intrise  della  "Coscienza dell'illuminato".